המקור המדויק ממנו נבעה הקונדליני יוגה לא ידוע, האזכור המוקדם ביותר ליוגה זו מופיע באופנישד של הוודות ההודיות בשנת 1000-500 לפנה"ס. ממצאים היסטוריים מעידים שהקונדליני יוגה הייתה בגדר מדע ופילוסופיה לפני שהתפתחה לכדי תירגול פיזי.
באותם הזמנים שיטת הלימוד הנפוצה הייתה על דרך האופנישד – משמעות המילה אופנישד היא : 'לשבת ולהקשיב ללימודי המורה'.
במהלך השנים, פותח התירגול המעשי של קונדליני יוגה כביטוי הפיזי לחזון האופנישד.

במהלך 500 השנים האחרונות השתלבה יוגה זו עם שושלת המאסטרים של הדת הסיקית, גורו נאנאק, גורו ראם דאס וגורו גובינדה סינג. המקור לקונדליני יוגה כולל מאסטרים רבים מאזור צפון פונג'אב שבהודו. גורו נאנאק התחיל את שושלת הנקראית Udasi דרך בנו, באבא סירי צ'אאנד, מאסטר קונדליני ששירת את הדרך ולימד במשך יותר מ-100 שנה את כל המאסטרים מכל השושלות השונות שהתקיימו בימים ההם.

במשך אלפי שנים נשמרה קונדליני יוגה כיוגה סודית המועברת בצורה ישירה ממורה לתלמיד. ההתיחסות לקונדליני יוגה היתה כחינוך מתקדם בלבד והיא לא לומדה באופן ציבורי. תלמידי קונדליני נאלצו לעבור מספר שנים של חניכה לפני שהיו מוכנים להיחשף לתירגול. האמונה הייתה שהציבור אינו מוכן לידע כה עוצמתי.

הקונדליני נותרה חבויה עד שבשנת 1968 מורד סיקי בשם הארבהג'ן סינג – יוגי בהג'ן, תלמידו של הגורו סאנט האזאר סינג עזב את פונג'אב והגיע לטורונטו שבקנדה ומשם לארה"ב.
יוגי בהג'ן ידע שחל איסור מוחלט ללמד קונדליני יוגה מחוץ לגבולות הודו, יחד עם זאת במהלך מדיטציה הגיע אליו חזון של רוחניות חדשה, שילוב של ידע עתיק יחד עם פרקטיות מודרנית. חזון זה נתן את ההשראה לחלוק את הידע הנסתר במערב, מתוך הטענה ש"לכל אדם יש זכות מולדת להיות בריא, שמח ושלם (קדוש) ותירגול קונדליני יוגה הוא הדרך לממש זכות זו"
יוגי בהג'ן השתקע בלוס אנג'לס שם הקים את ארגון (3HO (Healthy, Happy, Holy Organization
לימד יותר מ-8000 שיעורי יוגה, וחנך באופן אישי אלפי יוגים ומורים לעתיד.