מנטרה היא ההשלכה היצירתית של המיינד דרך צליל. המילה מנטרה מורכבת משתי מילים Man – מיינד ו -Trang  – גל, שמה של המנטרה מרמז על כך שבכוחה לשנות את גלי המיינד.
השימוש במנטרה מבוסס על הידע בו הצליל, כצורת אנרגיה, יכול לייצר השפעות נרחבות וידועות מראש על הצ'אקרות ועל נפש האדם.

המנטרות הן סוג של נוסחה שמשנה את דפוסי המיינד ואת הכימייה במוח, המנטרה עובדת ברמה פיזית כמו גם ברמה מטה-פיזית. כוחה של המנטרה הוא ברטט הקולי שהיא מייצרת. המנטרות המתורגלות בקונדליני יוגה מרוממות  את מצב תודעתינו  דרך משמעותן, החזרות הרבות והמקצב.

נקישות הלשון על החיך העליון מגרות את בלוטת האיצטרובל ואת יותרת המוח ובכך תורמות לשינויים במבנה המוח. התדרים הצליליים שמייצרת המנטרה מסייעים לתדר המחשבות והרגשות לעלות לתדר עדין יותר.
על ידי זימרה או חזרה פנימית על המנטרה אנו מפעילים תדר מסוים שישפיע על מציאותינו לטובה גם אם לא נבין את פירוש הצלילים אותם אנו שרים. עצם החזרה או הזימרה מובילה אותנו להיות מכווננים עם הויברציה הקוסמית –  נאאד (Naad).

הנאאד – Naad הוא שם לתהליך ההרמוניזציה שדרכו יכול האינסוף להתבטא, הנאאד הוא הצליל הראשוני ממנו מורכבים כל הצלילים וכל השפות כולן, הנאאד מגיע ישירות מהמקור ומייצג את הקוד האוניברסלי מאחורי השפה והתקשורת האנושית.
המדע של ה-נאאד יוגה הוא בן אלפי שנים ומתבסס על נקודות אנרגטיות בחיך העליון, על פי מדע זה בחיך העליון מצויות 84 נקודות אנרגטיות (מרידיאנים) וכל תנועה של הלשון מעוררת נקודות ספציפיות בהתאם למיקומן.
הפולסים שמקבלות אותן נקודות עקב השימוש במנטרה מווסתות את הכימיה של המוח והגוף על ידי גרוי של ההיפו-תלמוס, האיזון הכימי שנוצר משפיע על המערכת האנדוקרינית, על העיכול, הופך את המיינד לנייטרלי ומאוזן, מביא לחיזוק המערכת החיסונית ולמצב תודעה חיובי.

מקצב –  יש לשמור על מקצב חד ומדויק ולתת לכל חזרה את אותו מס' הפעימות.
הקרנה – כשאנו שרים מנטרה אנחנו מקרינים את אנרגיית החיים שלנו (פראנה), הקרינו מתוך טוהר נשמתכם, היו מודעים לכל אחת מהצ'אקרות מהן אתם מקרינים.
הגיה –  השתמשו בלחץ הנכון של הלשון בכל אחת מנקודות המרידיאן בחיך העליון, שימרו על איזון ומקצב נכון של ההברות המייצרות את המילים.

ניתן לתרגל מנטרה בשירה ובקול רם וניתן לתרגל אותה כמחשבה פנימית ללא ביטוי קולי, הרטט אותו מייצרת המנטרה מתקיים בשני המקרים. 
ניתן לקשור מנטרה לנשימה, לתרגל עם מחרוזת תפילה (מאלה), לשיר במעגל, או פשוט לחזור שוב ושוב על המנטרה הנבחרת בכל פעם שתיזכרו בה במהלך היום. כאשר מנטרה מתורגלת לאורך זמן היא הופכת להיות חלק מהדפוסים החדשים של המיינד והוא פונה אליה לעיתים קרובות.
אם בתחילת הדרך שירת המנטרה נעשית במאמץ מודע, בהמשך היא הופכת להיות מנטלית, אם המיינד מסכים להכנע למקצב הפנימי של המנטרה מתחילה מערכת העצבים המרכזית לרטוט מעצמה ברטט שמייצרת המנטרה. בשלב זה נותר המתרגל כמאזין בלבד.
שלב זה נקרא – אנאהאט (Anahat) והוא מתאר מצב בו מערכת העצבים מרטטת את המנטרה מעצמה ללא כל מאמץ מודע מצידך.

אנאהאט –Anahat הוא מצב של שקט פנימי בו כל תאי הגוף מרטטים את המנטרה, האגו הופך רגוע, זרימת המחשבות זורמת עם האני העליון, ומתוך השקט הזה תוכל לחוש, לשמוע ולפעול את קריאת נשמתך.
המנטרה מתכווננת אל האינסוף והמתרגל מתחבר להרמוניה הנמצאת מעבר לכל מה שיכול היה ליצור מתוך גופו או מתוך האגו הסופי.